期待精度最大化に基づくRNAシュードノット予測
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概要
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RNA に観測されるシュードノットと呼ばれる部分構造は,多くの場合 3 次元空間上での折り畳みを補助する役割を担うことが知られており,シュードノットを含めた RNA 2 次構造予測はその立体構造決定への手がかりを与えるものと期待される.本稿では,期待精度最大化に基づくシュードノット構造予測法 IPknot を提案する.IPknot では,シュードノットを考慮した事後塩基対確率分布を,シュードノットを含まない塩基対の各集合に対する事後分布の積で近似する.この期待精度最大化問題は閾値カットを用いた整数計画法で解く.また,計算機実験により,IPknot は高い予測精度と高速な計算速度を達成することを示す.
- 2010-07-21
著者
-
加藤 有己
京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター
-
阿久津 達也
京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター:京都大学大学院情報学研究科知能情報学専攻
-
佐藤 健吾
東京大学 大学院新領域創成科学研究科
-
加藤 有己
京都大学 化学研究所 バイオインフォマティクスセンター
-
浅井 潔
東京大学 大学院新領域創成科学研究科
-
佐藤 健吾
東京大学大学院新領域創成科学研究科
-
浅井 潔
東京大学大学院新領域創成科学研究科|産業技術総合研究所生命情報工学研究センター
-
浅井 潔
東京大学大学院新領域創成科学研究科:産総研生命情報工学研究センター
-
佐藤 健吾
(社)バイオ産業情報化コンソーシアム
-
阿久津 達也
京都大学化学研究所
-
加藤 有己
奈良先端科学技術大学院大学情報科学研究科
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