整数計画法によるシュードノットつきRNA2次構造予測
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概要
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生体高分子の機能の解明にはその折り畳み構造を理解する必要があるとされている.特に,機能的非コードRNAが注目を集めている.RNAの立体構造を予測することは困難であるため,シュードノットを含む,または含まない2次構造を予測する研究が行われてきた.本稿では,整数計画法を2次構造予測に適用する手法を提案する.ここで,シュードノットを含まない構造と,任意の平面的シュードノット構造を予測するための2つの定式化を導入する.さらに,提案手法を使った構造予測に関するいくつかの実験結果を示す.
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 2007-12-20
著者
-
加藤 有己
京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター
-
阿久津 達也
京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター:京都大学大学院情報学研究科知能情報学専攻
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加藤 有己
京都大学 化学研究所 バイオインフォマティクスセンター
-
プンサップ アンヤーニー
京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター
-
阿久津 達也
京都大学化学研究所
-
加藤 有己
奈良先端科学技術大学院大学情報科学研究科
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