タンパク質間の相互作用強度予測(バイオインフォマティック)
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概要
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タンパク質間相互作用の推定のために、様々な方法が提案されている。Association法やEM法といった既存の手法では、相互作用するかしないかだけを扱っているが、我々はどのくらいの強度で相互作用するかについても扱った。タンパク質間相互作用の確率モデルとしては、タンパク質の部品であるドメインを使う。同じ種類のドメインは複数のタンパク質に共通に含まれることを利用する。我々はこのモデルに対し線形計画法による定式化を行い、既存の手法と比較して同程度の性能が得られた。さらに、強度予測では極めて良好な結果が得られた。一方、学習データに対する分類精度を最大化する問題はMAX SNP困難であることを証明した。
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 2003-09-18
著者
-
阿久津 達也
京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター:京都大学大学院情報学研究科知能情報学専攻
-
林田 守広
京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター
-
上田 展久
京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター
-
阿久津 達也
京都大学化学研究所
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