糖鎖の木構造からプロファイルを検出する確率木モデルの応用(Chemical bioinformatics)
スポンサーリンク
概要
- 論文の詳細を見る
バイオインフォマティクスにおいては、ノイズの多い生物情報を処理するために確率モデルがよく使われている。以前、PSTMMという木構造の兄弟の依存性を含めた確率木マルコフモデルが紹介された。本研究では、PSTMMを糖鎖木構造からプロファイルを検出する、profilePSTMMというモデルに拡張した。パラメータ推定アルゴリズムを修正したことで、最近の糖鎖インフォマティクスの発展で増えた、ノイズの多い糖鎖情報から更に実用的な情報を得られた。糖鎖を認識するガレクチンと言うタンパク質の糖鎖との結合親和力データを用いて実験を行なった。
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 2005-10-07
著者
-
馬見塚 拓
京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター
-
金久 實
京都大学化学研究所
-
上田 展久
京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター
-
五斗 進
京都大学化学研究所 バイオインフォマティクスセンター
-
木下 聖子
京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター
-
五斗 進
京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター
-
金久 實
京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター|東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター
-
馬見塚 拓
京都大学化学研究所
関連論文
- 多様なゲノムデータの統合的クラスタリング解析(理論/実験技術)
- 2T12 オーソロガス遺伝子の関係を考慮にいれたゲノムからの機能予測
- 2-III-27 シュードモナスのリジン分解経路におけるミッシング酵素の同定と解析(一般研究発表,日本ビタミン学会 第58回大会研究発表要旨)
- 確率モデルに基づくテキスト共起データからのマイニング(Chemical bioinformatics)
- 知識情報処理技術とヒトゲノム計画
- タンパク質間相互作用強度予測の高速化と困難性(ニューラルネットワーク及び生物工学)
- タンパク質間の相互作用強度予測(バイオインフォマティック)
- タンパク質間の相互作用強度予測
- タンパク質データベース利用による機能解析
- ゲノムネットの遺伝子医学情報 (特集 新世紀医療をめざして(3)ゲノムサイエンスを加速するバイオインフォマティクス)
- パスウェイ解析の現状(情報) (ゲノムサイエンス--生命の全体像の解明をめざして) -- (第1部 日本におけるヒト・ゲノム研究の最前線)
- タンパク質間相互作用の共進化情報に基づく予測
- バイオインフォマティクスと薬学(バイオインフォマティクス)
- 化学反応データベースLIGANDの拡張と代謝パスウェイ計算への応用
- 代謝反応の検索システムとWWWによる公開 : 微生物
- 生体分子ネットワークのトポロジー解析(システムトポロジー,数学者のための分子生物学入門-新しい数学を造ろう-)
- 実践的KEGG PATHWAY : データベース利用法
- 化合物構造比較法に基づく酵素反応特有な原子変換パターンの解析(Pathway and database)
- 二次構造を予測する (生命の設計図に迫る! : ヒトゲノム計画と知識情報処理)
- ゲノム研究のためのDirectory (ゲノムサイエンス--生命の全体像の解明をめざして)
- タンパク質の立体構造とデ-タ処理 (タンパク質化学の新展開)
- ホモロジー検索の数理(10周年記念フォーラム,10周年記念)
- 4.バイオ知識の形成と表現(バイオデータベースの今)
- 構造活性相関とパスウェイ解析を用いた環境汚染物質の生分解経路の解析
- バイオインフォマティクス・システムバイオロジーと生命システム情報統合データベース
- 実践的 KEGG LIGAND データベース利用法
- セミナー室 実践的バイオインフォマティクス(5)実践的KEGG LIGANDデータベース利用法
- 糖鎖の木構造からプロファイルを検出する確率木モデルの応用(Chemical bioinformatics)
- バイオインフォマティクスと応用物理
- KEGG GLYCANデータベースと糖鎖インフォマティクス (糖鎖情報の独自性と普遍性) -- (バイオインフォマティクス,メタボローム)
- マラリア対策とオミクス技術
- 酵素反応式中の化合物グラフマッチング簡略化手法の開発
- 真核生物におけるドメインの組み合わせの系統解析(Protein domain network analysis)
- 実践的ホモロジーサーチと遺伝子機能アノテーション
- 生体分子の相互作用ネットワークにおけるスケールフリー性(ネットワークが創発する知能)
- 代謝系データベースの構築と解析
- 1R1130 プロファイル比較による微弱なアミノ酸配列類似性の検出(22.生命情報科学,一般演題,日本生物物理学会第40回年会)
- 4 遺伝子発現量の観測と遺伝子ネットワークの解析 : 遺伝子の機能解析を目指して(ゲノム情報科学 : 観測技術の進展を支えるインフォマティクス)
- シリーズ あなたにも役立つバイオインフォマティクス(12)遺伝子ネットワークを使いこなす
- 5-1 ゲノムサイエンス : 生物知識情報の体系化 (21世紀の医療・福祉を支える科学技術)
- 26pYH-5 情報担体としてのDNAとゲノム情報解析
- ゲノムデータべース--計算機に格納された生命の姿(2)ゲノムネット
- CD表面抗原分子とサイトカインを中心とするシグナル伝達系の知識ベースの構築と解析
- 遺伝子・ゲノム百科事典
- 1.ゲノム情報学 (「ゲノム情報」)
- ゲノム情報解析の現状と展望:技術開発から機能予測へ (特集 ヒト・ゲノム)
- 遺伝子とゲノムの情報処理 (<特別論説> 情報処理最前線)
- 文字列を比較し並べる (生命の設計図に迫る! : ヒトゲノム計画と知識情報処理)
- 乱雑さの中に機能を見る : モチーフ解析による生物機能の予測 (生命の設計図に迫る! : ヒトゲノム計画と知識情報処理)
- ヒト遺伝子の探究-10-ゲノム情報解析
- ヒトゲノム情報解析 (科学者がつくるコンピュ-タ)
- 分子間相互作用ネットワークのモデル化(ポストゲノムにおけるバイオシステムシミュレーション : 生命システム現象の包括的な理解に向かって)
- ゲノムから分子間相互作用ネットワークへ : 分子ネットワーク/シミュレーション(ゲノム情報科学の新展開 : 生物物理の立場から)
- 化学とグラフアルゴリズム (化学と数学の接点)
- 発現プロファイルに基づく代謝経路の遺伝子系列ランキング(Expression analysis)
- 酵素反応パスウェイの解析 : 演繹データベースによる知識の抽出
- バイオインフォマティクス--ゲノム解析データと生化学,分子生物学の知識を結ぶ(特集 ゲノムサイエンスの現状と将来)
- 演繹データベースを用いた代謝系の表現と推論
- 化学とグラフアルゴリズム(ヘッドライン:化学と数学の接点)
- 化学とグラフアルゴリズム
- ラベル伝播アルゴリズムにおける複数グラフのスパース結合法(第15回情報論的学習理論ワークショップ)
- 局所線形近似に基づくラベル伝播のための類似度適合