発現プロファイルに基づく代謝経路の遺伝子系列ランキング(Expression analysis)
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概要
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代謝経路における各連鎖反応を触媒するための酵素遺伝子の系列について、それらの発現情報を元にどの経路が活性化されているかをランキングする枠組みと方法を提案する。代謝経路中の反応の一次隣接性を二項関係とし発現プロファイルの類似尺度値を重みとして持つ遺伝子グラフに半順序の頂点クラスを付与しパスランキングを行うアルゴリズムを示す。この手法によって発現プロファイルを用いて興味ある代謝経路の転写活性を分析することができる。
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 2006-02-09
著者
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瀧川 一学
京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター
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馬見塚 拓
京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター
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瀧川 一学
北海道大学大学院情報科学研究科
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馬見塚 拓
京都大学化学研究所
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瀧川 一学
京都大学化学研究所
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