化合物構造比較法に基づく酵素反応特有な原子変換パターンの解析(Pathway and database)
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概要
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酵素反応前後の化合物ペア間で原子アラインメントを計算すると、反応前後において変化しない部分、付加または脱離によって変化する部分、前記の二つの境界領域にあって反応の中心的舞台と考えられる部分、の3種類の情報を抽出できる。これらの情報は酵素反応に特徴的な原子の変換パターンを端的に捉えるものである。我々は、この変換パターンをRPAIRデータベースとして構築するとともに、代謝経路の網羅的解析へ応用した。ここでは特に、原子変換パターンで表現された連続する反応モジュールを既存の代謝パスウェイ上で抽出することを行い、また、生分解経路において特徴的に見られる変換パターンの傾向をみた。これらの解析結果は、現在我々が構築を行っている代謝パスウェイ予測システムのキーとなるものである。
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 2005-12-22
著者
-
山田 拓司
京都大学化学研究所 バイオインフォマティクスセンター
-
金久 實
京都大学化学研究所
-
五斗 進
京都大学化学研究所 バイオインフォマティクスセンター
-
服部 正泰
京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター
-
Oh Min
京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター
-
服部 正泰
Bioinformatics Center, Institute for Chemical Research, Kyoto University
-
五斗 進
京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター
-
金久 實
京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター|東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター
-
服部 正泰
Bioinformatics Center Institute For Chemical Research Kyoto University
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