代謝ネットワークの最小反応カットを求めるアルゴリズム
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概要
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本稿において我々は,ブーリアンモデルの代謝ネットワークの最小反応カットを計算する2つのタイプの問題として,ReactionCutとMD-ReactionCutを扱う.これらの問題はそれぞれ,流束収支モデルと最小損傷モデルに基づいている.我々は,ReactionCutとMD-ReactionCutが反応ノードの最大出次数(K_<out>)が1の時でさえNP困難であることを示す.また,MD-ReactionCutのK_<out>=2,3,kのそれぞれに対し,O(1.822^n),O(1.959^n),o(2^n)時間アルゴリズムを紹介する.ただし,nは反応ノードの数であり,kは定数である.これらのアルゴリズムは,ネットワークが閉路を含まなければ,ReactionCutにも適用することができる.
- 2009-10-09
著者
-
阿久津 達也
京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター:京都大学大学院情報学研究科知能情報学専攻
-
阿久津 達也
京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター
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田村 武幸
京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター
-
竹本 和広
東京大学大学院新領域創成科学研究科情報生命科学専攻
-
阿久津 達也
京都大学化学研究所
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