制約付きプロファイルアライメント(<特集>文字列アルゴリズム)
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概要
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タンパク質配列からその立体構造を予測する問題はバイオインフォマティクスにおける重要課題の一つであり,プロファイルという統計情報を用いて配列と既知構造の対応関係を調べるプロファイルアライメントはそのための強力な手法の一つである.ところで,近年の実験技術の進歩により,タンパク質の全体の構造は困難でも,いくつかのアミノ酸間の距離はある程度,容易に測定可能となってきた.そこで本稿において,配列中の一部のアミノ酸間の距離に制約がある場合のプロファイルアライメントについて研究する.本稿では距離制約がある場合にはこの問題がNP困難となることを示し,さらに,近似精度に関しての強い下限を示す.一方,現実の問題を解くための実用的な二種類のアルゴリズムを示す.一つは枝重み最大クリーク問題に帰着させるアルゴリズムであり,もう一つは動的計画法と分枝限定法を組み合わせたアルゴリズムである.
- 社団法人電子情報通信学会の論文
- 2004-01-22
著者
-
富田 悦次
電気通信大学先進アルゴリズム研究ステーション
-
阿久津 達也
京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター:京都大学大学院情報学研究科知能情報学専攻
-
阿久津 達也
京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター
-
富田 悦次
電気通信大学先進アルゴリズム研究ステーション・中央大学研究開発機構
-
林田 守広
京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター
-
富田 悦次
電気通信大学
-
富田 悦次
Department Of Commucations And Systems Engineering The University Of Electro-communications
-
鈴木 純一
電気通信大学大学院情報通信工学専攻
-
堀本 勝久
東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター
-
富田 悦次
電気通信大学|中央大学研究開発機構
-
阿久津 達也
京都大学化学研究所
-
堀本 勝久
東京大学医科学研究所
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