効率的クリークアルゴリズムに基づく電気泳動画像マッチング、タンパク質構造マッチング、および、タンパク質側鎖パッキング
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概要
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電気泳動画像マッチング、タンパク質構造マッチング、タンパク質側鎖パッキングはいずれもバイオインフォマティクスにおいて有用なNP困難問題である。これらの問題に対して効率的な最大クリークアルゴリズムを用いた一連のアルゴリズムを開発し、計算機実験によりその性能を検証した。その結果。直接タリーク問題に変換するアルゴリズムを用いた場合は、50残基(点)から150残基(点)からなる入力に対して1 CPUで最適解を現実的な時間で計算することができた。また、いくつかのヒューリスティクスを組み合わせることにより、より現実的なサイズの問題に対して、良好な解を得ることができた。
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 2002-05-10
著者
-
富田 悦次
電気通信大学先進アルゴリズム研究ステーション
-
阿久津 達也
京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター:京都大学大学院情報学研究科知能情報学専攻
-
阿久津 達也
京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター
-
富田 悦次
電気通信大学先進アルゴリズム研究ステーション・中央大学研究開発機構
-
藤山 秋佐夫
国立情報学研究所
-
藤山 秋佐夫
国立遺伝研
-
藤山 秋佐夫
国立情報研:国立遺伝研
-
藤山 秋佐夫
情報・システム研究機構国立情報学研究所理化学研究所ゲノム科学総合研究センター
-
富田 悦次
電気通信大学
-
富田 悦次
Department Of Commucations And Systems Engineering The University Of Electro-communications
-
ケーシー ドゥッカバハドゥル
京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター
-
関 友和
電気通信大学大学院電気通信学研究科電子情報学専攻
-
藤山 秋佐夫
国立情報学研
-
富田 悦次
電気通信大学|中央大学研究開発機構
-
藤山 秋佐夫
理化学研究所横浜研究所ゲノム科学総合研究センター
-
阿久津 達也
京都大学化学研究所
-
ケーシー ドゥッカバハドゥル
京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター:京都大学大学院情報学研究科知能情報学専攻
-
関 友和
電気通信大学大学院 電気通信学研究科
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