タンパク質ベータシート予測 : 動的計画法と形式文法によるアプローチ(一般セッション3)
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概要
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タンパク質2次構造予測はバイオインフォマティクスにおける主要な課題の1つである.特に,βシートはアミノ酸配列において幾つかの領域にまたがって現れるため,その領域を予測することは容易ではない.本稿では,連続する逆平行βシートを予測するための動的計画法に基づくアルゴリズムを提案する.このアルゴリズムはより一般的なβシートのクラスを扱えるように拡張することが可能である.計算機実験では,提案アルゴリズムは予測精度において良い性能をあげている.また,提案アルゴリズムと形式文法に基づく手法の関連性について述べる.さらに,平面的なβシートを予測する問題はNP困難であることを示す.
- 社団法人情報処理学会の論文
- 2008-06-19
著者
-
関 浩之
奈良先端科学技術大学院大学情報科学研究科
-
加藤 有己
京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター
-
阿久津 達也
京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター:京都大学大学院情報学研究科知能情報学専攻
-
関 浩之
奈良先端科学技術大学院大学
-
加藤 有己
京都大学 化学研究所 バイオインフォマティクスセンター
-
阿久津 達也
京都大学化学研究所
-
加藤 有己
奈良先端科学技術大学院大学情報科学研究科
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