整数計画法に基づくRNA間相互作用予測
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概要
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遺伝子発現の転写後調節に関わるRNA間の相互作用が注目されている.一方,最適化ソルバーの能力が急速に高性能化し,いままでは計算が困難な問題であった規模の大きな整数計画問題も比較的高速で解けるようになってきている.したがって,このようなRNA相互作用による2次構造予測問題を整数計画問題として定式化することができれば,最適化ソルバーを用いて解くことが実現可能な時代となってきた.本研究では,2つのRNAの相互作用による結合2次構造を,整数計画法を用いて予測する方法を提案する.また,提案手法による結合2次構造予測のいくつかの実験結果を示す.
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 2007-12-20
著者
-
加藤 有己
京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター
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渡邊 芳英
Department Of Electronics Doshisha University
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加藤 有己
京都大学 化学研究所 バイオインフォマティクスセンター
-
市原 慶太郎
同志社大学大学院工学研究科
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渡邊 芳英
同志社大学工学部電子工学科
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渡邊 芳英
同志社大学大学院工学研究科
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加藤 有己
奈良先端科学技術大学院大学情報科学研究科
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