RNA構造解析のための確率多重文脈自由文法(Sequence & structure analysis)
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概要
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シュードノットと呼ばれる部分構造を含む, RNAの2次構造をモデル化する形式文法がいくつか提案されている.本論文では, 文脈自由文法の自然な拡張でありシュードノットを表現できる多重文脈自由文法(MCFG)に着目し, その部分クラスを確率モデルに拡張する.次に, RNA 2次構造予測に応用される, 最大確率を持つ導出木を求める多項式時間のアルゴリズムを与える.また, EMアルゴリズムに基づく確率パラメータ推定法にも触れる.
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 2005-12-22
著者
-
関 浩之
奈良先端科学技術大学院大学情報科学研究科
-
加藤 有己
京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター
-
関 浩之
奈良先端科学技術大学院大学
-
加藤 有己
奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科
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