相互作用RNA2次構造予測 : 形式文法によるアプローチ
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概要
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遺伝子発現の転写後調節に係わるRNA間の相互作用が注目されている.これまで動的計画法に基づいて相互作用するRNAの2次構造予測が行われてきたが,形式文法による手法は提案されていなかった.本稿では,多重文脈自由文法(MCFG)に基づいてRNA間相互作用をモデル化する方法を提案する.まず,MCFGの確率的拡張モデルに対して,確率最大の導出木を計算する多項式時間の構文解析アルゴリズムを与える.これはキッシングヘアピンループを含む結合2次構造予測に適用される.また,実験によって提案手法がDPに基づく既存研究と同等以上の性能を上げることを示す.
- 社団法人情報処理学会の論文
- 2007-12-20
著者
-
関 浩之
奈良先端科学技術大学院大学情報科学研究科
-
加藤 有己
京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター
-
阿久津 達也
京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター:京都大学大学院情報学研究科知能情報学専攻
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関 浩之
奈良先端科学技術大学院大学
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阿久 津達也
京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター
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加藤 有己
京都大学 化学研究所 バイオインフォマティクスセンター
-
加藤 有己
奈良先端科学技術大学院大学情報科学研究科
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