形式文法に基づくRNA2次構造予測(若手研究者のための講演会)
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概要
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近年,形式文法における構文解析技術を応用したRNAの2次構造予測が盛んに研究されている.典型的なRNA配列では塩基対が互いに入れ子になって現れるため,2次構造を文脈自由文法(CFG)でモデル化する試みがなされてきた.一方,いくつかの塩基対が配列上で交差して現れるシュードノットと呼ばれる部分構造や,2つのRNA間の相互作用によるキッシングヘアピンループと呼ばれる結合構造が存在し,CFGでは表現できないことが知られている.本稿では,シュードノットやキッシングヘアピンループを含めたRNA 2次構造に対する,形式文法に基づく予測法について論じる.
- 社団法人電子情報通信学会の論文
- 2007-11-20
著者
-
関 浩之
奈良先端科学技術大学院大学情報科学研究科
-
加藤 有己
京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター
-
阿久津 達也
京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター:京都大学大学院情報学研究科知能情報学専攻
-
関 浩之
奈良先端科学技術大学院大学
-
加藤 有己
京都大学 化学研究所 バイオインフォマティクスセンター
-
阿久津 達也
京都大学化学研究所
-
加藤 有己
奈良先端科学技術大学院大学情報科学研究科
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