ペア確率多重文脈自由文法によるシュードノットつきRNA2次構造予測
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概要
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シュードノットを含むRNAの2次構造予測に対するアプローチとして,文脈自由文法(CFG)より表現能力の高い形式文法(MCFG,TAG等)の構文解析アルゴリズムに基づく手法が提案されている.また,汎用性と精度の向上を目指し,複数の1次構造同士の比較解析に基づく2次構造予測法もいくつか提案されている.本稿では,比較解析ができるようにMCFGを拡張したペア確率多重文脈自由文法(Pair-SMCFG)を新たに定義し,これに基づくRNAの2次構造予測法を提案する.長さ70程度のRNA配列に対して2次構造予測を行ったところ,RNAの特定のファミリーに対する文法の特化を全く行わないという条件下であっても,適合率63.2%,再現率62.0%という結果を得た.
- 2009-02-26
著者
-
関 浩之
奈良先端科学技術大学院大学情報科学研究科
-
田中 翔
奈良先端科学技術大学院大学情報科学研究科
-
加藤 有己
京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター
-
関 浩之
奈良先端科学技術大学院大学
-
田中 翔
奈良先端科学技術大学院大学
-
田中 翔
関西テレビ放送(株)放送技術局
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