確率多重文脈自由文法によるRNAシュードノット構造予測(DNA・タンパク質構造)
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概要
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シュードノットを含むRNAの2次構造をモデル化する形式文法がいくつか提案されている.本論文では,文脈自由文法の自然な拡張でありシュードノットを表現できる多重文脈自由文法(MCFG)に着目し,確率MCFG(SMCFG)と呼ばれる確率モデルに拡張する.次に,多項式時間で確率最大の導出木を求める構文解析アルゴリズム及びEMアルゴリズムに基づく確率パラメータ推定アルゴリズムを与える.さらに,SMCFGの構文解析アルゴリズムを用いたRNAシュードノット構造予測に関する実験結果を示す.
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 2006-09-15
著者
-
関 浩之
奈良先端科学技術大学院大学情報科学研究科
-
加藤 有己
京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター
-
関 浩之
奈良先端科学技術大学院大学
-
加藤 有己
奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科
-
嵩 忠雄
奈良先端科学技術大学院大学
-
嵩 忠雄
奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科
-
嵩 忠雄
広島市立大学情報科学研究科
-
嵩 忠雄
大阪大学基礎工学部情報工学科
-
嵩 忠雄
広島市立大学
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