最適degenerate pattern探索アルゴリズムと転写因子結合部位同定問題への適用
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概要
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有限アルファベットΣ上のdegenerate pattern とはΣの部分集合からなるシーケンスである.Σ上の正例文字列の集合Pと負例文字列の集合Qが与えられたとき,Pの全ての文字列にマッチし,Qのどの文字列にもマッチしないΣ上のdegenerate pattern の存在を判定する問題は,NP完全であることが知られている.本稿では,多くの自然なスコア関数に対し適用可能な枝刈探索法を用いて,最適なdegeneratepatternを探索するアルゴリズムを提案する.そして,このアルゴリズムを転写因子の結合部位を同定する問題に適用し,いくつかの遺伝子集合に対して計算機実験を行った結果を報告する.
- 社団法人情報処理学会の論文
- 2003-09-19
著者
-
阿久津 達也
京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター:京都大学大学院情報学研究科知能情報学専攻
-
丸山 修
九州大学大学院数理学研究院
-
篠崎 大輔
九州大学大学院数理学府
-
阿久津 達也
京都大学化学研究所
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