局所多重アライメントのための局所探索アルゴリズム : 特殊ケースにおける収束性の解析と腫瘍細胞分類への応用
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概要
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局所多重アライメントは複数の文字列(実際にはDNA配列やアミノ酸配列)が与えられた時、スコアが最大となるように、各文字列から長さの等しい部分文字列を抽出するという問題である。この問題に対して、相対エントロピースコアを用いた単純な局所探索アルゴリズムが知られており、また、計算機実験の結果から数回程度の反復で局所最適解に収束することも知られていた。そこで、本稿では、収束性について理論的考察を行い、非常に特殊な場合(部分文字列の長さが1文字で、かつ、各文字の出現確率が等しい場合)においては多項式回の反復で収束することを示す。一方、このアルゴリズムは局所多重アライメント以外の問題への応用可能である。その例として本稿では遺伝子発現データをもとにした腫瘍細胞分類への応用を示す。
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 2001-06-26
著者
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