タンパク質ドメインネットワークに対する二部グラフのモデル
スポンサーリンク
概要
- 論文の詳細を見る
タンパク質ネットワークは、生物の細胞の中で様々な重要な役割を果たしている。今回、我々はヒトとシロイヌナズナにおけるドメインの種類の次数分布を解析した。k個のタンパク質に存在するドメインの種類の度数分布P_1(k)は,べき乗則に従うのに対して、k種類のドメインを持つたんぱく質の度数分布P_2(k)は指数関数的な裾野を持つ。そこで我々は、このべき乗則と指数分布の混在を説明する成長ネットワークモデルを提案する。このモデルはネットワークの成長と複製メカニズムという2つの特徴を持つ。
- 2009-07-27
著者
-
阿久津 達也
京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター:京都大学大学院情報学研究科知能情報学専攻
-
林田 守広
京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター
-
落合 友四郎
富山県立大学情報システム工学科
-
ナチェル ホセ
公立はこだて未来大学複雑系科学科
-
ナチェル ホセ
公立はこだて未来大学
-
落合 友四郎
富山県立大学工学部情報システム工学科
-
落合 友四郎
富山県立大学
-
阿久津 達也
京都大学化学研究所
関連論文
- 代謝ネットワークの最小反応カットを求めるアルゴリズム
- 整数計画法を用いたブーリアンネットワークの解析・制御手法(システムバイオロジー,システムバイオロジー,一般)
- 高さの制限された無順序木の編集距離問題に対する近似アルゴリズム
- 完全な透明マント(不可視装置)の数理
- 左手系メタマテリアルを用いた完全な不可視装置の構成(量子効果デバイス(光信号処理,LD,光増幅,変調等)と集積化技術,一般,材料デバイスサマーミーティング)
- 27pYF-4 負の屈折率を利用した透明マントの新しいデザイン(メタマテリアル:サブ波長構造による新奇な電磁応答,領域5,領域1合同シンポジウム,領域5,光物性)
- 27pYF-4 負の屈折率を利用した透明マントの新しいデザイン(領域5,領域1合同シンポジウム,メタマテリアル:サブ波長構造による新奇な電磁応答,領域1,原子・分子,量子エレクトロニクス,放射線物理)
- タンパク質ドメインネットワークに対する二部グラフのモデル
- タンパク質間相互作用ネットワークにおける相互作用ドメイン対の確率的選択に基づくべき乗分布のモデル化
- 分子生物情報学の現状と動向 (「分子生物情報学の新展開」)
- 特集「分子生物情報学の新展開の編集にあたって (「分子生物情報学の新展開」)
- 最適degenerate pattern探索アルゴリズムと転写因子結合部位同定問題への適用
- 最適 degenerate pattern 探索アルゴリズムと転写因子結合部位同定問題への適用
- 高さの制限された2個の無順序木に対する最大共通部分木の近似アルゴリズムの改良
- 2J-3 確率モデルに基づく木の類似度のパラメータ学習について(情報爆発時代におけるマルチメディアデータと交通情報システム,一般セッション,「情報爆発」時代に向けた新しいIT基盤技術)
- パス頻度ベクトルからのグラフ推定問題の困難性について
- 類似度の高い無順序木の比較に対する高速アルゴリズム
- ブール関数推定のための貪欲アルゴリズムの性能解析
- タンパク質ベータシート予測 : 動的計画法と形式文法によるアプローチ(一般セッション3)
- 相互作用RNA2次構造予測 : 形式文法によるアプローチ
- 形式文法に基づくRNA2次構造予測(若手研究者のための講演会)
- DNAマイクロアレイ画像の解析
- DNAマイクロアレイ画像の解析
- 期待精度最大化に基づくRNAシュードノット予測
- 構造トポロジーと複雑ネットワーク特徴量からのタンパク質フォールディング速度予測
- 無順序木の編集距離計算のための厳密アルゴリズム
- 整数計画法によるシュードノットつきRNA2次構造予測
- 整数計画法によるシュードノットつきRNA2次構造予測
- 相互作用RNA2次構造予測 : 形式文法によるアプローチ
- 効率的クリークアルゴリズムに基づく電気泳動画像マッチング、タンパク質構造マッチング、および、タンパク質側鎖パッキング
- DNA2次元電気泳動画像のパターンマッチング : 問題の困難さとヒューリスティック・アルゴリズム
- DNA2次元電気泳動画像のパターンマッチング : 問題の困難さとヒューリスティック・アルゴリズム
- ゲノムDNA解析のための2次元電気泳動画像システム
- 線形計画法による非線形システムS-systemの推定
- 確率ブーリアンネットワークのアトラクター検出とブーリアンネットワークとのアトラクターの関係
- タンパク質間相互作用ネットワークにおける相互作用ドメイン対の確率的選択に基づくべき乗分布のモデル化
- 入次数に制約のあるブーリアンネットワークに対する先行状態検出問題および制御問題について
- 細胞アレイ解析のための線形計画法を用いたレポーター遺伝子の最適配置
- タンパク質間相互作用強度予測の高速化と困難性(ニューラルネットワーク及び生物工学)
- 制約付きプロファイルアライメント(文字列アルゴリズム)
- タンパク質間の相互作用強度予測(バイオインフォマティック)
- タンパク質間の相互作用強度予測
- パス頻度ベクトルからのグラフ推定問題の困難性について
- 整数計画と帰還点集合による代謝ネットワークの構造的堅牢性の測定
- 生育温度による代謝ネットワーク構造の差異
- 21aTP-11 原核生物における代謝ネットワークの構造と成育温度の関係(生物・生態系(社会・言語・ゲーム等含む)1,領域11,統計力学,物性基礎論,応用数学,力学,流体物理)
- 半空間の和集合の例からの推定
- 位置依存スコア行列の例からの学習の計算複雑度について
- 2K-1 高さ制約付き無順序木の高速類似検索アルゴリズムについて(情報爆発時代におけるアルゴリズム高率化,一般セッション,「情報爆発」時代に向けた新IT基盤技術,情報処理学会創立50周年記念(第72回)全国大会)
- 生物配列の局所マルチプルアラインメントの計算困難性
- バイオインフォマティクスへの誘い : バイオ情報学研究会(研究会千夜一夜)
- 「情報処理学会論文誌 : 数理モデル化と応用」の編集にあたって
- 「情報処理学会論文誌 : 数理モデル化と応用」の編集にあたって(まえがき)
- 「情報処理学会論文誌 : 数理モデル化と応用」の編集にあたって
- TD-1-3 バイオインフォマティクスにおける知識発見
- 局所多重アライメントのための局所探索アルゴリズム : 特殊ケースにおける収束性の解析と腫瘍細胞分類への応用
- ゲノム情報解析の現状と課題
- バイオインフォマティクスへの扉
- 遺伝子制御ネットワーク解明のためのアルゴリズム (ゲノムサイエンスの新たなる挑戦) -- (第3部 ゲノム情報科学)
- 遺伝子発現制御ネットワークの論理的解析
- 配列のローカル・アラインメントの困難さについて
- 遺伝子ネットワーク解明のためのアルゴリズム
- 立体構造のマルチプルアラインメントに基づくタンパク質立体構造予測
- 東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターDNA情報解析分野
- 遺伝子ネットワーク解明のためのアルゴリズム
- RNA二次構造予測のための近似アルゴリズム
- 計算生物学におけるカーネル法(数学者のための分子生物学入門,研究会報告)
- 左手系メタマテリアルを用いた完全な不可視装置の構成(量子効果デバイス(光信号処理,LD,光増幅,変調等)と集積化技術,一般,材料デバイスサマーミーティング)
- 透明マントの設計方法--透明マントの設計研究の現状、実現可能性および今後の課題について (特集:メタマテリアル--透明マントを仕立てる)
- 複雑な重み付きネットワークの解析とモデル化
- 行列乗算とハッシュ関数を用いたブーリアンネットワークの同定アルゴリズム
- 1P292 遺伝子ネットワークにおけるフィードバック機構とノイズの解析(数理生物学、非平衡・生体リズム,口頭発表,第45回日本生物物理学会年会)
- 遺伝子発現量ダイナミックスにおける自己相似性について(バイオインフォマティックス(2))
- 生物情報ネットワークの構造およびダイナミクス解析 (ゲノムから生命システムへ) -- (ゲノムから情報科学)
- Markov property on Gene Expression Dynamics
- Markov property on Gene Expression Dynamics
- バイオインフォマティクスと人工知能の相互作用(バイオインフォマティクスと人工知能の新たなインタラクション)
- 特集「バイオインフォマティクスと人工知能の新たなインタラクション」にあたって(バイオインフォマティクスと人工知能の新たなインタラクション)
- 線形計画法による非線形システム S-system の推定
- ブーリアンネットワークの高速同定アルゴリズム
- 遺伝子発現パターンデータからの定性ネットワークの推定
- 遺伝子発現量の時系列データからの遺伝子ネットワーク推定
- 確率的数理モデルを用いたアポトーシス制御機構の解明
- DNAマイクロアレイ技術および関連する数学的課題(数学者のための分子生物学入門,研究会報告)
- AND/OR節点で構成されるブーリアンネットワークの定常状態を検出するアルゴリズムの改良
- AND/OR節点で構成されるブーリアンネットワークの定常状態を検出するO(1.787^n)時間アルゴリズム
- アラインメントとアミノ酸構成比に基づいたサポートベクターマシンによるタンパク質の細胞内局在予測
- 生体内ネットワーク構造の数理モデルと情報解析
- 機械学習を用いたDNA修復タンパク質の識別と分類
- 遺伝子発現パターンからの細胞分類アルゴリズム
- バイオインフォマティクスにおける基本アルゴリズム(数学者のための分子生物学入門,研究会報告)
- Detection and Enumeration of Steady States in Biological Information Networks (Acceleration and Visualization of Computation for Enumeration Problems)
- 局所アラインメントカーネルを用いたアミノ酸置換行列の最適化(セッション4)
- 双対分解によるRNA構造アラインメント
- BI-7-5 遺伝子ネットワークと代謝ネットワークの離散数理モデルとその制御(BI-7.情報ネットワーク科学が目指すもの,依頼シンポジウム,ソサイエティ企画)
- 左手系メタマテリアルを用いた完全な不可視装置の構成
- 左手系メタマテリアルを用いた完全な不可視装置の構成
- 29pXX-3 外国為替市場における非マルコフ的な加速・抵抗効果の統計的解析(29pXX 経済物理学,領域11(統計力学,物性基礎論,応用数学,力学,流体物理))
- 文字列の距離空間上の最大マージン識別器とそのタンパク質科学への応用
- 文字列の距離空間上の最大マージン識別器とそのタンパク質科学への応用