局所アラインメントカーネルを用いたアミノ酸置換行列の最適化(セッション4)
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概要
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生物学的配列間の類似性検出はバイオインフォマティクスにおける重要な問題で、特に微弱な類似性を検出するのは難しいことが知られている。我々は先の研究において局所アラインメントカーネルを提案して、良い結果を示した。局所アラインメントカーネルの性能はアミノ酸置換行列に依存する。我々は局所アラインメントカーネルのアミノ酸置換行列に対する導関数が解析的に求まり、かつ動的計画法で効率良く計算できることを示す。さらに導関数を利用する最適化法と組み合わせることにより真の類似配列を僞の類似配列から区別するようにアミノ酸置換行列を最適化する。局所アラインメントカーネルは、Smith-Watermanアルゴリズムによって最適化されたアミノ酸置換行列よりも局所アラインメントカーネルによって最適化されたアミノ酸置換行列において良い性能を示した。更にこの行列はSmith-Watermanアルゴリズムと組み合わせてもうまく利用することが出来る。
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 2006-03-16
著者
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