生物配列の局所マルチプルアラインメントの計算困難性

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概要

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• 局所マルチプルアラインメントは、複数のDNA配列、もしくは、タンパク質配列が入力された時に、スコアが最適となるように、それぞれの配列から固定長の領域を選ぶという問題であり、モチーフ検出などの応用を持つ。本稿では、相対エントロピースコア、SPスコア、および、M.Liらにより提案された相対エントロピーに類似したスコアの3種類について、いずれのスコアを用いても局所マルチプルアラインメントがNP困難であることを示す。特に、相対エントロピースコアのもとでこの問題がAPX困難であることを示す。また、SPスコアを用いた場合などに対する近似アルゴリズムも示す。

• 2007-03-05

著者

• 有村 博紀

  北海道大学大学院情報科学研究科

• 阿久津 達也

  京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター:京都大学大学院情報学研究科知能情報学専攻

• 下薗 真一

  九州工業大学 情報工学部

• 有村 博紀

  北海道大学大学院情報科学研究科コンピュータサイエンス専攻

• 有村 博紀

  北海道大学

• 下薗 真一

  九州工業大学知能情報工学科

• 下薗 真一

  九州工業大学

• 阿久津 達也

  京都大学化学研究所

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