塩基およびアミノ酸配列における共変異集合を列挙する高速アルゴリズム
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概要
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塩基やアミノ酸の多重配列アライメントから,同時に変異する傾向にある塩基または残基位置の集合を高速に列挙する手法を提案する.本研究では,共変異の検出において,1)条件付きエントロピーH(i|j)を指標として用いることが有効であること,2)条件付きエントロピーH(i|j)の指標を条件付き同時エントロピーH(i_1…i_m|j)へと自然に拡張することにより,三つ以上の位置における共変異を検出可能であること,3)条件付き同時エントロピーの単調性を利用した枝刈り規則と,位置集合と配列集合に関する閉包性を用いることにより,共変異位置集合の列挙アルゴリズムを著しく高速化することが可能であることを示す.
- 2008-03-03
著者
-
伊藤 公人
北海道大学人獣共通感染症リサーチセンター
-
有村 博紀
北海道大学大学院情報科学研究科
-
原口 誠
北海道大学大学院情報科学研究科
-
谷口 剛
北海道大学,大学院情報科学研究科
-
村上 悌治
北海道大学,人獣共通感染症リサーチセンター
-
原口 誠
北海道大学 大学院工学研究科
-
原口 誠
北海道大学 大学院情報科学研究科
-
有村 博紀
北海道大学
-
谷口 剛
北海道大学 大学院情報科学研究科
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