アラインメントとアミノ酸構成比に基づいたサポートベクターマシンによるタンパク質の細胞内局在予測
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概要
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タンパク質の細胞内局在予測とは、タンパク質のアミノ酸配列が入力として与えられた時に、そのタンパク質が細胞内のどの部位に移送されていくかを予測する問題である。本稿では、文字列アラインメントとアミノ酸構成比に基づく特徴ベクトルを組み合わせる方法を紹介する。我々はこの方法をサポートベクターマシンとTargetPデータベースから入手した植物に関するデータ集合を用いて実装した。Fivefold cross validation testによって得られたoverall accuracyとaverage MCCはそれぞれ0.8915と0.8363であり、アミノ酸配列の情報だけを用いる既存の予測法よりも良い値であった。本稿における提案手法は一般的かつ簡素であるため、バイオインフォマティクスにおける他の問題にも応用可能であると考えられる。
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 2007-03-05
著者
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