細胞アレイ解析のための線形計画法を用いたレポーター遺伝子の最適配置
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概要
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生きた細胞中の様々な環境下で、タンパク質パスウェイや遺伝子転写制御ネットワークのダイナミクスを観測するために、細胞アレイを用いた生物実験手法が開発されている。この手法を適用するためにはレポーター遺伝子を適切に配置することが有用である。そこで本稿では最も効率的なレポーター遺伝子の配置問題を考え、グラフ理論の立場から定式化を行い、二つの問題を定義する。両方の問題ともにNP困難であり、任意の近似比での多項式時間近似も難しいことを示すが、現実的な大きさの問題に対しては最適な解を導く線形計画問題による手法も提案する。ヒーラ細胞のアポトーシスパスウェイに適用し、結果の生物学的意味について考察する。
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 2007-09-13
著者
-
阿久津 達也
京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター:京都大学大学院情報学研究科知能情報学専攻
-
油谷 幸代
産総研・cbrc
-
孫 富艶
産総研・CBRC
-
堀本 勝久
産業技術総合研究所生命情報工学研究センター
-
林田 守広
京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター
-
孫 富艶
産業技術総合研究所生命情報工学研究センター
-
油谷 幸代
産業技術総合研究所生命情報工学研究センター
-
油谷 幸代
産業技術総合研究所
-
堀本 勝久
産業技術総合研究所・生命情報工学研究センタ
-
阿久津 達也
京都大学化学研究所
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