行列乗算とハッシュ関数を用いたブーリアンネットワークの同定アルゴリズム
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概要
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遺伝子ネットワークの推定問題のモデル化の一つとしてブーリアンネットワークの同定問題が研究されてきたが、この問題は複数のブール関数を同時に同定する問題としても定式化することができる。変数(頂点)の個数をn、次数制約をD、例の個数をmとする時に、これまで、0(mn^<D+1>)時間アルゴリズムおよびO(mn^D)時間アルゴリズムが開発されてきた。本研究では、文字列マッチングに用いられる確率的なハッシュ関数を用いて行列乗算問題に帰着させることにより、この問題に対するO(m^<w-2>n^D+mn^<D+w-3>)時間の確率的アルゴリズムを開発した。なお、wはn×nの行列乗算の時間計算量におけるnのべきであり、現在のところw<2.376である。
- 1999-11-08
著者
-
久原 哲
九州大学大学院農学研究院遺伝子資源工学部門遺伝子制御学講座
-
久原 哲
九州大学大学院農学研究院
-
久原 哲
九州大学大学院システム生命科学府
-
宮野 悟
東京大学医科学研究所
-
阿久津 達也
東京大学 医科学研究所 ヒトゲノム解析センター
-
阿久津 達也
京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター:京都大学大学院情報学研究科知能情報学専攻
-
宮野 悟
科学技術振興事業団erato北野共生システムプロジェクト
-
阿久津 達也
東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター
-
久原 哲
九大院・農・遺資工
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