GONとSBMLにおけるXMLパスウェイ形式の対応
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概要
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In this paper, two formats of XML description in Genomic Object Net (GON) and System Biology Markup Language Level 2 (SBML Level 2) are compared. First, we discuss about the difference in representations of biological pathways with these two methods. Second, we compare these two formats step-by-step from small models to large models in the following order: (1) initial stage, (2) arrange one continuous place, (3) control variables, (4) arrange one continuous transition, (5) add arc from place to transition, and (6) several connections between elements. Based on these comparisons, we considered about problems which will be arise in performing conversion between these two formats, and discuss the method to improve these problems.
- 大島商船高等専門学校の論文
- 2005-12-01
著者
-
宮野 悟
東京大学医科学研究所
-
宮野 悟
東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター
-
宮野 悟
科学技術振興事業団erato北野共生システムプロジェクト
-
松野 浩嗣
山口大学理学部
-
北風 裕教
商船学科
-
北風 裕教
山口大学
-
宮野 悟
東京大学 医科学研究所 ヒトゲノム解析センター
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