遺伝子発現プロファイルからのオペロン構造予測のためのPath Consistency Algorithmの改良(Expression analysis)

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概要

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• 本研究では, 遺伝子発現プロファイルから共発現する遺伝子を予測するシンプルなアルゴリズムを提案する.我々は, 因果グラフを推定するための手法であるPath consistency (PC) algorithmに対し, 遺伝子発現プロファイルへの適用のための改良および, オペロンに関する生物学的知見を反映させた改良を加えた.改良アルゴリズムを大腸菌のオペロン構成遺伝子の発現プロファイルに適用した結果, 既知オペロンについて検出率90%以上, 極めて低い擬陽性率を示した.

• 一般社団法人情報処理学会の論文
• 2005-12-22

著者

• 油谷 幸代

  産総研・cbrc

• 堀本 勝久

  産業技術総合研究所生命情報工学研究センター

• 堀本 勝久

  東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター

• 齊藤 秀

  インフォコム株式会社ケム&バイオ・インフォマティクス部:産業技術総合研究所生命情報工学センター

• 齊藤 秀

  東京大学医科学研究所

• 油谷 幸代

  東京大学医科学研究所

• 堀本 勝久

  東京大学医科学研究所

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