立体構造のマルチプルアラインメントに基づくタンパク質立体構造予測
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概要
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タンパク質立体構造予測は、タンパク質のアミノ酸配列が与えられた時、そのタンパク質の立体構造をコンピュータにより推定する問題である。本稿では、タンパク質立体構造予測のために開発した立体構造のマルチプルアラインメントに基づくタンパク質スレッディング法について報告する。なお、立体構造のマルチプルアラインメントは、まず大規模並列計算機上で効率良く動作する並列検索プログラムにより候補となる立体構造と類似の立体構造を検索し、次に、検索の結果得られたペアワイズのアラインメントに、(配列のマルチプルアラインメントの際に用いられる)センタースター法を適用することにより計算する。また、スレッディングの計算は、入力アミノ配列と立体構造のマルチプルアラインメント結果に、配列アラインメントの場合と同様の単純な動的計画法を適用することにより行なう。
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 1998-11-26
著者
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阿久津 達也
東京大学 医科学研究所 ヒトゲノム解析センター
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阿久津 達也
京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター:京都大学大学院情報学研究科知能情報学専攻
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阿久津 達也
東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター
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沈 金蘭
東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター
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