線形計画法による遺伝情報解析のためのスコア関数の学習

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概要

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遺伝情報解析における中心的な問題の一つに、アミノ酸配列からのタンパク質立体構造予測がある。そのための有効な手法の一つにタンパク質スレッディングがあり、これは良いスコア関数を用いることが重要である。しかし、既存のスコア関数は統計的な方法に基づいて計算されているため、学習に大量のデータが必要であった。そこで、本稿では、未知のスコア関数を仮定し、自分自身をスレッディングした時、元の位置のスコアが最小となる、という制約を設けて線形計画問題に定式化し、それを解くことによりスコア関数を学習させる方法を提案する。良いスコア関数が計算できれば、エネルギー最小という力学的原理とのアナロジーがあるので、予測率向上が期待できる。
1996-07-26

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