RNA二次構造予測のための近似アルゴリズム
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概要
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RNA二次構造予測は計算生物学の中でも良く研究されている重要な問題の一つである。RNA二次構造予測は、最も基本的な定式化においては、RNA配列(a, u, g, cからなる文字列)が与えられた時、(交差しないように)マッチする相補対(a, u対もしくはg, c対)の個数を最大化する問題として定義される。この問題に対しては、従来、動的計画法に基づくO(n^3)時間のアルゴリズムしか知られていなかった。本稿では、この問題に対するO(n^3(log logn)^1/2/(logn)^1/2)時間アルゴリズムを示すとともに、任意の定数ε>0に対し1-ε以内の近似解を求めるO(n^2.776)時間アルゴリズムを示す。さらに、より現実的な定義のもとでのRNA二次構造予測問題に対する近似アルゴリズムも示す。
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 1998-05-20
著者
-
阿久津 達也
東京大学 医科学研究所 ヒトゲノム解析センター
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阿久津 達也
京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター:京都大学大学院情報学研究科知能情報学専攻
-
阿久津 達也
東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター
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