整数計画と帰還点集合による代謝ネットワークの構造的堅牢性の測定
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概要
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代謝ネットワークの堅牢性は、標的化合物を少なくとも一つ合成不能にする為に阻害しなければならない酵素の最少数で測定することができる。我々はこの問題に対し、帰還点集合(FVS)を用いて閉路を処理することにより従来の整数計画に基づく方法を改良した。大腸菌の解糖/糖新生、クエン酸回路、ペントースリン酸経路に提案手法を適用したところ、阻害すべき酵素の最適集合を見つけるのに要した時間は0.23〜5.15秒であり、従来の方法に比べ7.63〜145.82倍高速であった。
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 2008-09-11
著者
-
竹本 和広
科学技術振興機構さきがけ
-
田村 武幸
京都大学情報学研究科
-
阿久津 達也
京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター:京都大学大学院情報学研究科知能情報学専攻
-
阿久津 達也
京都大学 化学研究所 バイオインフォマティクスセンター
-
阿久津 達也
京都大学
-
田村 武幸
京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター
-
竹本 和広
東京大学大学院新領域創成科学研究科情報生命科学専攻
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