特徴ベクトルに基づく木状の化学分子の列挙アルゴリズム(セッション5)
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概要
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化学分子のグラフ構造を与えられた部分構造から推定する問題は,創薬などバイオインフォマティクスの領域における基本的な課題である.本論文は,グラフにおける高々長さKのパスの出現頻度に基づく特徴ベクトルが与えられたとき,これと同じ特徴ベクトルを有する木構造の化学グラフを全て列挙する問題を考える.また,推定するグラフの候補を制限するために,結合度の指定を入力条件に取り入れた問題の設定も行う.両者の問題に対して分枝限定法に基づく厳密アルゴリズムを提案する.既知の化合物から再推定する計算機実験では,2≥K≥7のとき,提案アルゴリズムは,後者の問題に対して最大61原子の問題例を厳密に解くことができた.
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 2006-12-21
著者
-
永持 仁
京都大学情報学研究科
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永持 仁
京都大学大学院情報学研究科
-
阿久津 達也
京都大学 化学研究所 バイオインフォマティクスセンター
-
阿久津 達也
京都大学
-
藤原 大樹
京都大学大学院 情報学研究科 数理工学専攻
-
趙 亮
Graduate School Of Informatics Kyoto University
-
趙 亮
京都大学大学院情報学研究科
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