タンパク質立体構造の折れ線による近似とその構造マッチングへの応用
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概要
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タンパク質立体構造の表現方法としてはトポロジー図もしくは3次元空間上の点列が従来用いられているが、前者では粗すぎ、後者では細かすぎる場合がある。そこで、本稿では両者の中間に位置するタンパク質立体構造の表現法として、折れ線近似による表現法を提案する。折れ線の計算は、最小2乗法と動的計画法の組合せにより、入力となる点列のサイズ(Cα原子の個数)をnとするとO(n^3)時間で行うことができる。また、この表現法の応用として、タンパク質立体構造の比較に適用した例を示す。
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 1995-02-07
著者
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