大局的に構造を取らない配列集合の抽出方法
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概要
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分子生物学的実験技術を用いた有向ハミルトンパス問題のAdlemanによる計算実験以来,DNA計算の分野では,DNA配列の設計問題が実際的で重要な問題として研究されている.従来の多くの研究は,ハミング距離の変形版を配列間の距離として導入し,配列間の類似度をその距離に基づいて最小化する手法を提案している.しかしながら,これらのハミング距離の変形を基にした設計手法では,内部ループやバルジループなどの二次構造の形成を考慮していない.従って,ハミング距離などに基づく他の手法によって設計された配列セットから,構造を形成しない部分配列セットを抽出する手法を考案できれば有用である.本論文では,大局的に構造を形成しない配列集合S,すなわち,S^+に属する任意の配列の自由エネルギー密度が与えられた閾値d以上であるような配列セットS,を抽出する手法を提案する.特に,d=0の場合,本手法により,S^+に属する任意の配列の最小自由エネルギーが0以上であるようなS,を抽出することができる.
- 社団法人電子情報通信学会の論文
- 2003-06-11
著者
-
富田 悦次
電気通信大学先進アルゴリズム研究ステーション
-
小林 聡
電気通信大学大学院電気通信学研究科情報工学専攻
-
富田 悦次
電気通信大学先進アルゴリズム研究ステーション・中央大学研究開発機構
-
富田 悦次
電気通信大学
-
富田 悦次
Department Of Commucations And Systems Engineering The University Of Electro-communications
-
近藤 朋大
電気通信大学大学院電気通信学研究科
-
富田 悦次
電気通信大学|中央大学研究開発機構
-
奥田 講平
電気通信大学大学院電気通信学研究科
-
小林 聡
電気通信大学
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