確率木文法近似理論のRNA二次構造解析への応用
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概要
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木文法はシュードノット構造を含むRNA二次構造を解析する為の文法ツールとして非常に有用なものである.しかし,解析にかかる計算時間が大きく,あまり実用的ではない.最近の研究では,WeinbergとRuzzoが確率文脈自由文法を確率正則文法で近似し,近似した確率正則文法をncRNAファミリーの高速なゲノムアノテーションに適用して成功している.本稿では,彼らの手法を拡張し,確率本文法を確率正則文法で近似する手法提案する.また,近似した確率正則文法を使って,ゲノム配列におけるRNAファミリーの候補位置で不要なものをどの程度取り除くことが出来るかという予備実験の結果について報告する.
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 2007-12-20
著者
-
小林 聡
信州大学消化器外科
-
小林 聡
電気通信大学大学院電気通信学研究科情報工学専攻
-
小林 聡
麻布大学外科学第二研究室
-
小林 聡
電気通信大学
-
小笠原 和哉
電気通信大学情報工学科
-
小林 聡
金沢大学放射線科
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