シュードノットを含むRNA二次構造の効率的アライメント手法(バイオインフォマティックス)
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概要
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本論文は、シュードノットを含むRNA二次構造の効率的アラインメント手法を提案する事を目的とする。我々が提案する手法は与えられた個々のRNA二次構造を重複のない部分構造に分割する事で階層木と呼ばれる木構造に変換し、それらに対して既存の木構造アラインメント手法を適用する事で結果を得る。生物学的ないし情報工学的観点より、我々が提案する階層アラインメント手法は次の2つの利点を有する。(1)構造的相同性検出能の向上および(2)探索空間削減によるアラインメント手法の効率の向上。実験データにより我々の手法によるアラインメント結果は既存の手法によるものに比べて生物学的により有望である事が示唆されている。
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 2004-12-20
著者
-
小林 聡
電気通信大学大学院電気通信学研究科情報工学専攻
-
三瓶 厳一
電気通信大・電子物性
-
三瓶 厳一
電気通信大学大学院 電気通信学研究科 情報工学専攻
-
小林 聡
電気通信大学
-
関 新之助
電気通信大学大学院電気通信学研究科
-
木島 篤志
電気通信大学大学院 電気通信学研究科 情報工学専攻
-
関 新之助
電気通信大学大学院 電気通信学研究科 情報工学専攻
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