並列木探索によるタンパク質立体配座解析の階層的アプローチによる拡張
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概要
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本研究では, 階層的に拡張された並列木探索によるタンパク質立体配座解析のモデルを提案する.本モデルでは, すでに枝刈りが行われた幅の狭い部分探索木を用いて原問題の探索木の再構築を行うため, 部分問題において枝刈りされた不要な探索空間は, 原問題の探索空間からあらかじめ取り除かれる.よって, 本モデルの階層的探索は, 存在可能な立体配座を見逃しなく探索できるという強みを犠牲にすることなく, 無駄な探索操作を大幅に減らすことができる.本稿では, 実際のタンパク質に見られるtyrosine cornerと呼ばれる構造の解析を行い, 本モデルの有効性, および並列木探索の効果を実証する.
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 2000-06-26
著者
-
秋山 泰
技術研究組合新情報処理開発機構
-
安藤 誠
新情報処理開発機構
-
松田 秀雄
大阪大学大学院情報科学研究科バイオ情報工学専攻
-
安藤 誠
日本鋼管株式会社情報システム部:産業技術総合研究所生命情報科学研究センター:大阪大学大学院基礎工学研究科情報数理系専攻
-
秋山 泰
産業技術総合研究所生命情報科学研究センター
-
松田 秀雄
大阪大学大学院 情報科学研究科
-
安藤 誠
日本鋼管(株)
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