並列木探索を用いたタンパク質立体配座解析システムの構築
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概要
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我々は, 以前に行った0-1ナップサック問題を解く並列プログラムの実装で得られた知見をもとに, より実用的で大規模な木探索問題であるタンパク質立体配座解析問題を解くシステムを構築した.本システムでは, 回転可能なすべての共有結合を回転させ, それによって得られるすべての立体配座異性体について実際に存在可能かどうかを調べあげる網羅的手法を採用した.本手法により, アミノ酸1残基レベルについて, 高精度の解析結果を得ることができた.また, 探索の並列化によって速度を向上させることにも成功した.タスク管理の処理と木探索処理を別のプロセスに行わせることによって, 処理のオーバーラップによる高速化も実現された.今後は, 本成果を階層的なアプローチによって拡張し, 創薬分野において重要なアミノ酸3〜7残基程度の立体配座解析を目指す.
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 1998-08-06
著者
-
秋山 泰
技術研究組合新情報処理開発機構
-
鬼塚 健太郎
技術研究組合新情報処理開発機構
-
野口 保
技術研究組合新情報処理開発機構
-
安藤 誠
技術研究組合新情報処理開発機構
-
安藤 誠
新情報処理開発機構
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安藤 誠
日本鋼管株式会社情報システム部:産業技術総合研究所生命情報科学研究センター:大阪大学大学院基礎工学研究科情報数理系専攻
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野口 保
技術研究組合 新情報処理開発機構
-
秋山 泰
産総研・cbrc
-
秋山 泰
技術研究組合新情報処理開発機構つくば研究センタ
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鬼塚 健太郎
技術研究組合 新情報処理開発機構
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