並列タンパク質情報解析(PAPIA)システムのPCクラスタ上での実現
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概要
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タンパク質情報解析に必要とされる大規模処理を高速に実行するため、並列タンパク質情報解析(PAPIA)システムを、64台のPentium Pro 200MHzプロセサから構成されるRWC PC Cluster II (PCC2)上に実装した。PCC2上のPAPIAシステムは、タンパク質情報解析における典型的処理(類似構造検索、相同配列検索、マルチプルアライメント)を、逐次の場合に比べ50倍以上高速に実行する。マルチプルアライメントの例では、従来は80分を要した計算が90秒程度で実行できた。WWWブラウザ経由で遠隔地からもPAPIAに計算を投入でき、計算結果はJAVA等を使ったグラフィカルな画面に表示される。さらに我々は, PAPIAシステムへの応用専用に、PCC2と同一設計の応用向けPC Cluster IIa(PCC2a)を新たに制作した。PCC2aでは、ローカルディスクが4.1GBに拡大されており、全体では200GB規模のデータベースを対象とした並列検索が可能である。
- 社団法人情報処理学会の論文
- 1998-03-05
著者
-
斎藤 稔
弘前大学理工学部
-
秋山 泰
技術研究組合新情報処理開発機構
-
鬼塚 健太郎
技術研究組合新情報処理開発機構
-
野口 保
技術研究組合新情報処理開発機構
-
安藤 誠
技術研究組合新情報処理開発機構
-
斎藤 稔
技術研究組合新情報処理開発機構
-
安藤 誠
新情報処理開発機構
-
安藤 誠
日本鋼管株式会社情報システム部:産業技術総合研究所生命情報科学研究センター:大阪大学大学院基礎工学研究科情報数理系専攻
-
野口 保
技術研究組合 新情報処理開発機構
-
秋山 泰
産総研・cbrc
-
秋山 泰
技術研究組合新情報処理開発機構つくば研究センタ
-
鬼塚 健太郎
技術研究組合 新情報処理開発機構
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