地球シミュレータによる蛋白質の大規模シミュレーション : ベクトル化と並列化による加速性能(数値シミュレーション)
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概要
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非常に巨大な蛋白質(水中のヘモグロビン : 全原子数12万36個)について, 分子動力学(MD)シミュレーションのスピードを地球シミュレータとCOSMOS90を用いて測定した.COSMOS90は, コード全体をベクトル化および並列化した.COSMOS90内部のBarnes-Hut tree codeは, ベクトル化を維持したまま並列化した.その結果, 128台のプロセッサで0.023sec/stepのスピードを達成した.このスピードならば, 生命科学で重要なヘモグロビンの機能をシミュレーションで研究することが可能である.さらなる高速化のために, COSMOS90のサブプロセスごとに, ベクトル化と並列化による加速性能を調査した.
- 社団法人情報処理学会の論文
- 2005-05-15
著者
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