アミノ酸配列のマルチプルアライメント計算におけるA^*アルゴリズムの適用の効果
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概要
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アミノ酸配列のマルチプルアライメント計算に、最良優先探索の反復改善法を適用し、最良優先探索における近傍探索をPVMライブラリを用いて並列実装した。さらに、A^*アルゴリズムを適用して探索空間の効率的な刈り込みを実現した。これらの改良の結果、従来法よりも精度のよい、生物学的にも十分意味のあるマルチプルアライメントを、現実的な計算時間内で得ることを可能とした。
- 社団法人情報処理学会の論文
- 1997-11-21
著者
-
斎藤 稔
弘前大学理工学部
-
十時 泰
株式会社情報数理研究所
-
斎藤 稔
新情報処理開発機構
-
秋山 泰
新情報処理開発機構
-
野口 保
新情報処理開発機構
-
鬼塚 健太郎
新情報処理開発機構
-
十時 泰
(株)情報数理研究所
-
安藤 誠
新情報処理開発機構
-
安藤 誠
日本鋼管株式会社情報システム部:産業技術総合研究所生命情報科学研究センター:大阪大学大学院基礎工学研究科情報数理系専攻
-
野口 保
技術研究組合 新情報処理開発機構
-
秋山 泰
産総研・cbrc
-
秋山 泰
技術研究組合新情報処理開発機構つくば研究センタ
-
鬼塚 健太郎
技術研究組合 新情報処理開発機構
-
十時 泰
株式会社情報数理研究所:(現)理化学研究所ゲノム科学総合研究センター
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