分子動力学法プログラムAMBERとBarnes-Hut tree codeの並列化と性能評価
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概要
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分子動力学シミュレーションのプログラムAMBERとBarnes-Hutのtree codeとを、分散メモリ型並列計算機SR2201上でMPI通信ライブラリを使って並列化し実行スピードの評価を行った。AMBERの実行速度は、AMBERのホームページで公表されている速度に比べて飛躍的に向上した。また、Barnes-Hut tree codeの実行速度は、独自の並列化手法によって目覚ましく加速した (128PUsで116倍、256PUsで170倍)。
- 社団法人情報処理学会の論文
- 1997-12-12
著者
-
斎藤 稔
弘前大学理工学部
-
志澤 由久
株式会社情報数理研究所
-
丸川 一志
株式会社アロー(現)イリノイ大学 Urbana-Champaign 校
-
斎藤 稔
新情報処理開発機構
-
三十尾 潔高
(株)情報数理研究所
-
志澤 由久
(株)情報数理研究所
-
丸川 一志
(株)アロー
-
秋山 泰
新情報処理開発機構
-
野口 保
新情報処理開発機構
-
鬼塚 健太郎
新情報処理開発機構
-
野口 保
技術研究組合 新情報処理開発機構
-
秋山 泰
産総研・cbrc
-
秋山 泰
技術研究組合新情報処理開発機構つくば研究センタ
-
鬼塚 健太郎
技術研究組合 新情報処理開発機構
-
三十尾 潔高
(株)情数研
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