並列化Barnes-Hut Tree Codeを用いた高精度なタンパク質分子動力学法プログラムの開発(<特集>並列処理)
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概要
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タンパク質の分子動力学(MD)シミュレーションでは, 非結合性のクーロン相互作用の計算が処理の大半を占めており, 処理全体の高速化のためには, クーロン相互作用計算の効率的な並列化による計算時間の短縮が必要である.我々は, 先に並列化した多体問題用のBarnes-Hut tree codeをクーロン相互作用の計算に適用した2つの新しい並列MDプログラム, MolTreCとTreecode AMBERを開発した.開発した並列MDプログラムは, 水溶液中のタンパク質の系を, 従来のカットオフ近似を使わずに精度良く並列計算することが可能である.プログラムは, MPIライブラリを用いて並列化されており, 分散メモリ型並列計算機やクラスタ型計算機の上で効率良く動作する.また, 全空間内のクーロン相互作用を精度良く考慮しながらも, 計算時間はAMBERでの12Åカットオフ近似の場合と比べ, ほぼ同程度にとどめられることが分かった(11585原子のprowatベンチマークにおいて, SR2201 256プロセッサ上で逐次処理の約111倍の高速化, AMBER Ver.5.0の約1.8倍の計算時間).
- 社団法人情報処理学会の論文
- 2000-05-15
著者
-
斎藤 稔
弘前大学理工学部
-
三十尾 潔高
株式会社情報数理研究所
-
志澤 由久
株式会社情報数理研究所
-
秋山 泰
技術研究組合新情報処理開発機構
-
秋山 泰
産総研・cbrc
-
秋山 泰
技術研究組合新情報処理開発機構つくば研究センタ
-
三十尾 潔高
(株)情数研
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