地球シミュレータによる蛋白質の高速シミュレーション(HPC-3 : 科学技術計算)(2003年並列/分散/協調処理に関する『松江』サマー・ワークショップ(SWoPP松江2003))
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概要
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JSPP2002において、最新のベクトル型並列計算機によって蛋白質のシミュレーションが、いかに高速化されるかについての考察を行った.同時に、現在、世界最高速のスーパーコンピュータ(地球シミュレータ)によるシミュレーションの高速化について予測した.その後SACSIS2003において、実際に地球シミュレータにソフトウエア(COSMOS90)をインストールして蛋白質のシミュレーションの実行スピードを計測した.その結果、1ノードでの実行スピード(0.027 sec/step)は、予測した値(0.029 sec/step)と一致した.また、8ノードで実行することによって、初めて0.01 sec/step を超えた実行スピード(0.008sec/step)を達成することができた.その後の、更なる高速化の結果について報告する.
- 社団法人情報処理学会の論文
- 2003-08-04
著者
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