分子動力学法プログラムAMBERとBarnes-Hut tree codeの並列化による高速化 (<特集>並列処理)
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概要
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分子動力学シミュレーションのプログラムAMBERとBarnes-Hutのtree codeとを, 分散メモリ型並列計算機SR2201上でMPI通信ライブラリを使って並列化し実行スピードの評価を行った. まず, AMBERについては, 我々が作成した通信関数を使うことによって台数効果が改善され, AMBERのホームページ(1998年2月)で公表されている速度に比べて24倍のスピードに加速することができた(256PUsで75倍). また, Barnes-Hut tree codeの実行速度は, 木構造の構築を独自の手法によって並列化することによって, 目覚ましい台数効果(256PUsで189倍)を達成することができた. さらに, この並列化Barnes-Hut tree codeを利用することによって, AMBERの電荷分布に対するクーロン力を, 高速に計算できることを実証した. また, 並列化したAMBERとBarnes-Hut tree codeは, 技術研究組合新情報処理開発機構で開発されたPCクラスタ(Pentium Pro 200 MHz 64PUs, NetBSD)上でも, 良好な加速性能を示した(それぞれ, 64PUsで16倍と30倍).
- 社団法人情報処理学会の論文
- 1999-05-15
著者
-
斎藤 稔
弘前大学理工学部
-
三十尾 潔高
株式会社情報数理研究所
-
志澤 由久
株式会社情報数理研究所
-
秋山 泰
技術研究組合新情報処理開発機構
-
鬼塚 健太郎
技術研究組合新情報処理開発機構
-
野口 保
技術研究組合新情報処理開発機構
-
斎藤 稔
技術研究組合新情報処理開発機構
-
丸川 一志
株式会社アロー(現)イリノイ大学 Urbana-Champaign 校
-
野口 保
技術研究組合 新情報処理開発機構
-
秋山 泰
産総研・cbrc
-
秋山 泰
技術研究組合新情報処理開発機構つくば研究センタ
-
鬼塚 健太郎
技術研究組合 新情報処理開発機構
-
三十尾 潔高
(株)情数研
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