多次元分布の線形変換による圧縮表現のタンパク質立体構造認識問題への応用
スポンサーリンク
概要
- 論文の詳細を見る
多次元分布は, その分布を線形基底を用いて基底変換し, その基底の次数打ち切りを行なうことで, 少ないパラメータで表現することができる.この方法を, 同一タンパク質中に含まれるアミノ酸残基の対の相対位置分布に適応し, タンパク質の縫糸法による自己構造認識問題に応用した.アミノ酸残基間距離だけを用いた一自由度の場合, 相対位置だけを考慮した三自由度の場合, および相対姿勢も考慮した六自由度の場合それぞれについて, タンパク質の残基配列が自分自身の構造を認識する正解率を求め(自己認識率), 従来の相対距離にのみ着目した一自由度の統計を用いた場合よりも, 多自由度, での統計を用いた方法のほうが, 自己認識率が高いことが判明した.
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 1998-11-26
著者
-
秋山 泰
新情報処理開発機構
-
野口 保
新情報処理開発機構
-
鬼塚 健太郎
新情報処理開発機構
-
安藤 誠
新情報処理開発機構
-
安藤 誠
日本鋼管株式会社情報システム部:産業技術総合研究所生命情報科学研究センター:大阪大学大学院基礎工学研究科情報数理系専攻
-
野口 保
技術研究組合 新情報処理開発機構
-
秋山 泰
産総研・cbrc
-
秋山 泰
産業技術総合研究所生命情報科学研究センター
-
秋山 泰
技術研究組合新情報処理開発機構つくば研究センタ
-
鬼塚 健太郎
技術研究組合 新情報処理開発機構
関連論文
- 並列化Barnes-Hut Tree Codeを用いた高精度なタンパク質分子動力学法プログラムの開発(並列処理)
- アミノ酸配列のマルチプルアライメントにおける反復改善過程の並列化とA^*アルゴリズムの適用
- 分子動力学法プログラムAMBERとBarnes-Hut tree codeの並列化による高速化 (並列処理)
- 並列タンパク質情報解析(PAPIA)システムのPCクラスタ上での実現
- 分子動力学法プログラムAMBERとBarnes-Hut tree codeの並列化と性能評価
- アミノ酸配列のマルチプルアライメント計算におけるA^*アルゴリズムの適用の効果
- タンパク質立体構造研究支援のための並列統合解析システムの構築
- A^*アルゴリズムを適用した並列反復改善法によるマルチプルアライメント
- 蛋白質立体構造データベース(PDB)の代表蛋白質決定システムの並列化
- 宇宙プラズマ粒子シミュレーションの並列化
- 多次元分布の線形基底変換による圧縮表現の提案, 及びタンパク質残基間相対位置分布への応用
- 多次元分布の線形基底変換による圧縮表現の提案、及びタンパク質残基間相対位置分布への応用
- 大規模分子動力学シミュレーションによる自由エネルギー地形解析システムの開発(セッション3:『バイオモデリング,シミュレーション』)
- 2P049 プリオンタンパク質の疾病関連遺伝子置換P102Lのダイナミクスに与える影響について(蛋白質 A) 構造)
- 分子動力学法に基づくタンパク質構造サンプリングとドッキング予測の改良
- 中赤外自由電子レーザーを用いたペプチド・糖鎖フラグメント解析
- Human Prion Protein(Hu PrP)monomerとdimerの分子動力学シミュレーションによる解析
- SMPクラスタ向けネットワーク・インタフェース上AM通信
- SMPクラスタでの共有/分散融合プログラミング
- 階層的な大規模並列木探索によるタンパク質立体配座解析システムESCAPE/Hi
- 並列木探索によるタンパク質立体配座解析の階層的アプローチによる拡張
- タンパク質分子構造を例とする高性能計算結果の可視化システムの試作
- 大規模PCクラスタを用いたインターネット上の公開計算サービス : 並列タンパク質情報解析(PAPIA)システムの構築と利用実績
- 大規模PCクラスタを用いたインターネット上の公開計算サービス : 並列タンパク質情報解析(PAPIA)システムの構築と利用実績
- タンパク質立体構造の配列および原子間距離による分類と非冗長化されたPDB代表タンパク質チェインデータベース(PDB-REPRDB)の作成
- 木探索アプローチによるタンパク質立体配座解析と大規模並列計算機上での高速解析システムの構築
- 多次元分布の線形変換による圧縮表現のタンパク質立体構造認識問題への応用
- タンパク質立体構造の配列および原子間距離による分類を非冗長化されたPDB代表タンパク質チェインデータベース(PDB-REPRDB)の作成
- 木探索アプローチによるタンパク質立体配座解析と大規模並列計算機上での高速解析システムの構築
- 並列木探索を用いたタンパク質立体配座解析システムの構築
- Knapsack問題における共有メモリ型/分散メモリ型並列計算機の性能比較
- フラグメントMO法によるノイラミニダーゼ阻害薬の結合性解析
- 2 バイオインフォマティクス研究者スキル(バイオインフォマティクス)
- インタビュー 独立行政法人 産業技術総合研究所 生命情報科学研究センター 先進的かつ独創的な研究プロジェクトを、22.8Tflop/sのスーパーコンピューターが支援
- 2P080 Reaction Mechanism of Nitric Oxide Reductase Cytochrome P450nor from Fusarium oxysporum
- 細胞アレイのための大規模画像処理システムの開発
- 大規模並列計算機によるタンパク質情報解析 (「分子生物情報学の新展開」)
- エントロピー項の導入によるバックプロパゲーション学習則の拡張と学習効率の向上
- エントロピー項の導入によるバックプロパゲーション学習則の拡張と学習効率の向上
- 1P241 タンパク質立体構造予測パイプラインFORTE-SUITE向け網羅的モデリング・構造評価システム(生命情報科学(構造ゲノミクス),ポスター発表,第45回日本生物物理学会年会)
- 3P273 CoLBA : 相互作用比較を考慮したリガンド結合予測法の開発(生命情報科学 A) 構造ゲノミクス)
- Erwin Schrodinger: What is Life?(20世紀の名著名論)
- バイオインフォマティクスと人工知能の相互作用(バイオインフォマティクスと人工知能の新たなインタラクション)
- 特集「バイオインフォマティクスと人工知能の新たなインタラクション」にあたって(バイオインフォマティクスと人工知能の新たなインタラクション)
- マルチシナリオゲームにおける並列世界のモデル
- インターネット上での遺伝子情報解析サービスの発展 : Mail, Gopher時代から, 並列タンパク質情報解析システムPAPIAまで