大規模分子動力学シミュレーションによる自由エネルギー地形解析システムの開発(セッション3:『バイオモデリング,シミュレーション』)
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概要
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生体分子の熱揺らぎは機能と関係しているが、Protein Data Bankにあるようなrigidな構造情報に比べると表現が難しい。本稿では、生体分子の熱揺らぎを表現する自由エネルギー地形解析を行うシステムを提案する。本システムでは、Blue Protein System (IBM Blue Gene/L 4ラック、8192CPU)を用いて大規模分子動力学シミュレーションを行い、シミュレーション結果から慣性半径(Rg, Radius of gyration)や初期構造からのRMSD (Root Mean Square Deviation)、任意の原子間の距離などに対しての自由エネルギー地形を求める事を可能にしている。本稿では、本システムを用いてプリオンタンパク質とシニョリンタンパク質の自由エネルギー地形を求め、その効果について報告する。
- 社団法人情報処理学会の論文
- 2007-06-14
著者
-
本田 真也
産業技術総合研究所 生物機能工学研究部門
-
関嶋 政和
産業技術総合研究所生命情報工学研究センター
-
野口 保
産業技術総合研究所 生命情報科学研究センター
-
野口 保
産業技術総合研究所生命情報工学研究センター
-
土井 淳
日本IBM
-
清水 茂則
日本IBM
-
秋山 泰
産業技術総合研究所
-
秋山 泰
産業技術総合研究所生命情報科学研究センター
-
秋山 泰
東京工業大学大学院情報理工学研究科計算工学専攻
-
本田 真也
産業技術総合研究所
-
関嶋 政和
東京工業大学学術国際情報センター|東京工業大学情報工学科
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