ハッシュテーブルの分割による<i>de novo</i>アセンブリの改良
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概要
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代表的な de novo アセンブラの一つである Velvet は,大規模なゲノムのアセンブリにおいて消費メモリ量の多さが課題とされている.本稿ではハッシュテーブルを分割することで,特に消費メモリ量の多い前半の velveth の消費メモリを削減する手法を提案した.またハッシュテーブルを分割する手法として,新たにリード分割法を提案した.リード分割法の提案により,従来より提案されている k-mer 値に応じた分割法に比べ,少数計算機で実行する際の実行時間の削減に成功した.
- 2012-06-21
著者
-
秋山 泰
東京工業大学大学院情報理工学研究科
-
石田 貴士
東京工業大学大学院情報理工学研究科計算工学専攻
-
石田 貴士
東京工業大学 大学院情報理工学研究科
-
関嶋 政和
東京工業大学大学院情報理工学研究科計算工学専攻|東京工業大学学術国際情報センター
-
秋山 泰
東京工業大学 大学院情報理工学研究科 計算工学専攻
-
関嶋 政和
東京工業大学
-
杉浦 典和
東京工業大学大学院情報理工学研究科
-
秋山 泰
東京工業大学 大学院情報理工学研究科
-
関嶋 政和
東京工業大学学術国際情報センター|東京工業大学情報工学科
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