De Bruijn GraphのPreGraphの分割によるVelvetの改良
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概要
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de Bruijn graph を用いる代表的 de novo アセンブラである Velvet は,その消費メモリの多さが課題とされている. Velvet は大きく 2 つのステップから構成されており, 1 つ目のステップについてはハッシュテーブルの分割による消費メモリの削減手法が既に提案されている.本稿では後半のステップで Velvet が作成する 1 つ目の de Bruijn Graph である PreGraph を分割することで, Velvet の特定の処理の消費メモリを削減した.
- 2012-11-29
著者
-
秋山 泰
東京工業大学大学院情報理工学研究科
-
石田 貴士
東京工業大学大学院情報理工学研究科計算工学専攻
-
石田 貴士
東京工業大学 大学院情報理工学研究科
-
関嶋 政和
東京工業大学大学院情報理工学研究科計算工学専攻|東京工業大学学術国際情報センター
-
秋山 泰
東京工業大学 大学院情報理工学研究科 計算工学専攻
-
関嶋 政和
東京工業大学
-
杉浦 典和
東京工業大学大学院情報理工学研究科
-
秋山 泰
東京工業大学 大学院情報理工学研究科
-
関嶋 政和
東京工業大学学術国際情報センター|東京工業大学情報工学科
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