タンパク質ドッキング予測プログラムによるシグナル伝達系のタンパク質間相互作用解析(一般セッション2)
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概要
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我々は,立体構造データをもとにタンパク質のドッキング予測を行い,候補となるドッキング構造をクラスタリングにより非冗長化してタンパク質間相互作用を予測する,ドッキング後処理システムを開発している.ソフトウェアの利用目的として,複合体のドッキング構造そのものの予測と,多数のタンパク質の構造データに網羅的に予測プログラムを適用して相互作用する可能性のある組み合わせを発見する相互作用対検出問題の,二つの問題が考えられる.最適な後処理の方法はこの両者で異なる可能性があるが.本稿では主に後者の問題を対象とする.本発表では,ドッキング予測ソフトウェアZDOCK3.0.1による結合構造の候補データをクラスター解析により評価する手法を,実際のシグナル伝達系の例として大腸菌走化性系の9つのタンパク質に適用した結果について述べる.実験的には未確認な相互作用も含めて,生物学的な見地からも予測結果の妥当性を検討した.また,構造データに基づく予測を実際のパスウェイ解析に用いる際に困難だった点についてまとめる.
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 2008-06-19
著者
-
秋山 泰
東京工業大学大学院情報理工学研究科
-
秋山 泰
東京工業大学大学院情報理工学研究科計算工学専攻
-
佐藤 智之
みずほ情報総研株式会社
-
松崎 裕介
東京工業大学 大学院情報理工学研究科 計算工学専攻
-
松崎 由理
東京工業大学 大学院情報理工学研究科 計算工学専攻
-
松崎 由理
東京工業大学
-
秋山 泰
東京工業大学 大学院情報理工学研究科 計算工学専攻
-
秋山 泰
東京工業大学 大学院情報理工学研究科
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